分析性

在開始使用前進行，從制藥污染危害性著眼，分析極限點(可能破壞設備密閉或者降低其防護特性的敞開的生產過程，有意或者無意地違反無菌操作規程等)。此時可借助于污染模擬裝置。完成整個深圳廠房裝修生產過程，然后分析介質(空氣、液體、工作服、設備表面、操作人員的手和建筑維護結構)狀態。所有這一切均應該在完成土建工程和設備安裝之后的測試階段進行。所取得的成果可用來消除被發現的缺點。

認證

在此階段應該在工藝過程實際動作的條件下，對空氣、水、工作服、操作人員的手以及設備表面和建筑維護結構進行微生物的污染監測。此時應該選擇最不利的條件——將下班時，人員活動量最大的時候等。對滅菌裝置和其他裝置的工作效率也要進行監測。對房間的消毒效果要進行評價。認證的結果就是確認實際生產過程和消毒措施是符合防治微生物污染的指標規程要求的事實。

防止微生物污染的日常研究

在第一階段監測成果數據的基礎上，確定日常監測的極值點。首先是與產品接觸的各種表面的狀況——工具，實驗室用器皿，工作人員的手等。還包括滅菌區（潔凈箱，層流通風柜和罩）和環境的空氣。對地坪、墻和吊頂的表面可隨機監測。